Судовые ядерные реакторы впервые были использованы на военных подводных лодках и авианосцах. Сегодняшние PWR, преобладающие в ядерной энергетике, являются результатом использования в 50-е годы таких судовых реакторов. В торговом флоте судовые реакторы не получили применения, если не считать некоторых экспериментальных установок . Первым примером мирного применения ядерной энергии на флоте явился советский атомный ледокол "Ленин", который позволяет СССР зимой использовать Северный морской путь. С 1959 до 1966 г. ледокол "Ленин" работал с тремя реакторами, а с 1970 г. перешел на два модернизированных реактора. За период 1962 — 1970 гг. на американском атомоходе "Саванна" был накоплен небольшой опыт эксплуатации, однако из-за неэкономичности судна его использование было прекращено.
Западногерманский атомоход "Отто Ган" проработал с 1968 г. по 1979 г. и, так же как и "Саванна", показал превосходные эксплуатационные характеристики. Японский ледокол "Митсу" находится в стадии испытаний.
Промышленное развитие атомного торгового флота с использованием судовых ядерных реакторов сейчас сдерживается в основном по экономическим причинам. Исследования показали, что использование судовых реакторов экономично только на очень больших и быстрых судах (таких, как контейнеровозы мощностью 100000 л.с). Будущее таких судов также сильно зависит от достижения международной договоренности о возможности их захода в большинство важнейших торговых портов мира.